La classification phylogénétique

01Classer selon la parenté, pas selon la ressemblance

La classification phylogénétique du vivant ne classe pas les espèces selon leur ressemblance globale ni selon leur milieu de vie, mais selon leurs liens de parenté, c'est-à-dire selon le degré de proximité de leur ancêtre commun. Deux espèces sont d'autant plus proches parentes qu'elles partagent un ancêtre commun récent. Cette approche s'appuie sur la comparaison de caractères homologues : des caractères hérités d'un même ancêtre, qu'il s'agisse de structures anatomiques (le squelette des membres des vertébrés) ou de séquences de gènes.

02Construire et lire un arbre phylogénétique

Un arbre phylogénétique représente les relations de parenté entre espèces sous forme de groupes emboîtés : plus deux espèces partagent de caractères homologues, plus leur ancêtre commun sur l'arbre est récent, et plus elles sont considérées comme proches parentes. Chaque nœud de l'arbre représente un ancêtre commun hypothétique, et chaque branche qui en part conduit à un groupe qui partage les caractères apparus à ce niveau. Un principe essentiel guide cette lecture : la parenté ne dépend ni de la ressemblance globale, ni de la position sur l'arbre, mais uniquement du nombre de caractères homologues partagés.

Un exemple classique illustre ce principe à l'encontre de l'intuition : la baleine, un mammifère marin, est phylogénétiquement plus proche parente de la vache ou de l'hippopotame que du poisson. Bien que la baleine ressemble superficiellement à un poisson (corps profilé, nageoires, vie aquatique), elle partage avec les mammifères terrestres des caractères homologues hérités d'un ancêtre commun mammifère : squelette interne de type tétrapode modifié, allaitement, respiration pulmonaire. Sa ressemblance avec les poissons résulte d'une adaptation indépendante au même milieu aquatique, et non d'une parenté proche.

03Ce que la classification phylogénétique a changé

Avant le développement de la phylogénie, les classifications reposaient souvent sur la ressemblance globale ou sur le mode de vie des espèces, ce qui regroupait parfois des espèces peu apparentées, comme les poissons et les baleines. La classification phylogénétique moderne, fondée sur la comparaison rigoureuse des caractères homologues (anatomiques, puis aujourd'hui de plus en plus moléculaires, par comparaison de séquences d'ADN), a permis de corriger ces regroupements et de proposer une classification qui reflète l'histoire évolutive réelle du vivant.

04Méthode : analyser un arbre phylogénétique

1. Repère les caractères indiqués sur les branches de l'arbre, et identifie à quel niveau (nœud) chacun apparaît.
2. Identifie les groupes emboîtés : un groupe rassemble toutes les espèces situées après un nœud donné, qui partagent donc tous les caractères apparus jusqu'à ce nœud.
3. Détermine la parenté entre deux espèces en cherchant leur nœud commun le plus récent : plus ce nœud est proche des espèces sur l'arbre, plus elles sont proches parentes, indépendamment de leur ressemblance apparente.

05Erreurs fréquentes

• ✗ Classer les espèces selon leur ressemblance globale ou leur milieu de vie plutôt que selon leurs caractères homologues.
• ✗ Croire que la baleine est plus proche parente du poisson que de la vache, à cause de sa ressemblance apparente.
• ✗ Confondre un caractère homologue, hérité d'un ancêtre commun, avec un caractère simplement similaire apparu par adaptation indépendante au même milieu.